XF 技術(shù)通過測定氧氣消耗速率(Oxygen Consumption Rate, OCR)來反映細(xì)胞線粒體的功能,通過測定細(xì)胞外酸化速率(Extra Cellular Acidification Rate,ECAR)來反映糖酵解功能。
將細(xì)胞接種到孔中,并可以將較多四種藥物(例如抑制劑或激動劑)自動添加到細(xì)胞中。在探針板中,每個探針?biāo)闹芘帕辛怂膫€集成的加藥口。將藥物依次注入孔中,并通過探針與檢測液混合。實(shí)時測定藥物誘導(dǎo)的細(xì)胞代謝動態(tài)變化。
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Seahorse XF 實(shí)驗常見問題及解答
01可以使用超出保質(zhì)期的探針板或重復(fù)使用探針板嗎?
Agilent 無法保證因使用超出保質(zhì)期的探針板或重復(fù)使用探針板而得到的實(shí)驗數(shù)據(jù)質(zhì)量(有效性),為得到較佳的、較真實(shí)的數(shù)據(jù),請使用有效期內(nèi)的探針板及其它消耗品。
02探針板水化超出水化時間怎么辦?
Agilent建議將探針板放入37℃無CO2培養(yǎng)箱中水化過夜以得到較優(yōu)結(jié)果。較短水化時間是37℃水化12小時。探針板較長水化時間是37℃水化72小時,但由于液體蒸發(fā)需要補(bǔ)充(或更換)校準(zhǔn)液,因此37℃無CO2培養(yǎng)箱務(wù)必放置水盤保證濕度。
03Fluxpak各種探針板有什么區(qū)別?
探針板是Fluxpak的組成部分,一個Fluxpak包含探針板、水化板、校準(zhǔn)液和細(xì)胞培養(yǎng)微孔板。以上各消耗品數(shù)量因所購Fluxpak類型而不同。探針板不能單獨(dú)訂購,必須通過訂購Fluxpak來購買,但細(xì)胞培養(yǎng)板和校準(zhǔn)液可單獨(dú)購買。訂購前,需要了解使用機(jī)器的型號及所需要的實(shí)驗次數(shù),訂購與之配套的Fluxpak。
04計劃明天做實(shí)驗,我今天要做些啥?
實(shí)驗前一天,打開主機(jī),打開電腦,同時點(diǎn)開Wave軟件,確保是Connected的狀態(tài),水化探針板,貼壁細(xì)胞提前接種到Seahorse的細(xì)胞培養(yǎng)板里。
05探針板水化聽說有二步,是這樣嗎?
是的,96孔探針板,實(shí)驗前一天,用無菌水;第二天做實(shí)驗前,棄去無菌水,更換上37℃預(yù)熱好的校準(zhǔn)液,再放置無CO2恒溫箱孵育1小時,這樣二步法水化,較大程度避免了探針頭上的小氣泡;24機(jī)型探針板一步法水化即可,但是還是建議用之前手動排一下氣泡;
06一次實(shí)驗可以只使用探針板其中的一部分嗎?
為了將所有藥物或化合物成功地注入細(xì)胞培養(yǎng)孔中,Agilent建議水化整個探針板并因需要將相同字母標(biāo)注的全部加藥孔注入藥物(請參考實(shí)驗流程中關(guān)于加載藥物的注意事項)。背景孔的加藥孔也必須加上藥物,保證所有的A加藥孔體積一致,B、C、D孔同理,否則會造成打藥失??;
07實(shí)驗中為何必須設(shè)置背景校正孔?
背景校正孔被用來過濾掉實(shí)驗的干擾因素,比如溫度和 buffering capacity,這些干擾因素會影響氧含量和pH變化(非來源于代謝變化的影響)。背景校正孔還能被用來修正整板間溫度波動,來診斷潛在溫度問題,以及作為實(shí)驗獲得非期望數(shù)據(jù)時原因篩查的切入點(diǎn)。
08背景校正孔怎么設(shè)置?
背景校正孔里除了沒有細(xì)胞,其它所有操作和細(xì)胞孔一致。96機(jī)型背景校正孔(A1,A12, H1, H12,即4個角)不接種細(xì)胞;24機(jī)型背景校正孔設(shè)置為(A1, B4, C3, D6);確保背景校正孔中只加入培養(yǎng)液(無細(xì)胞)
09為何細(xì)胞培養(yǎng)板需要在 37℃無CO2 培養(yǎng)箱中放置45-60min?
細(xì)胞培養(yǎng)板在37℃無CO2培養(yǎng)箱中孵育45-60min的目的是為了脫氣,釋放CO2。
10 Seahorse 實(shí)驗時,我擔(dān)心細(xì)胞量少,我多種點(diǎn)細(xì)胞可以嗎?
細(xì)胞的密度需要摸索,在實(shí)驗上機(jī)前,長滿板底面積80-90%為較佳,設(shè)置一個密度梯度,找到較佳的密度;細(xì)胞過密會使檢測時形成的瞬間微室氧氣快速耗盡。
11 Seahorse 實(shí)驗,種細(xì)胞和平時種細(xì)胞有區(qū)別嗎?
安捷倫細(xì)胞培養(yǎng)板種細(xì)胞時候,槍頭抵壁,與水平面呈45°角度加入,加完在超凈臺靜置1小時,有助于促進(jìn)細(xì)胞均勻分布并減少邊緣效應(yīng)。96孔細(xì)胞板種80ul;24機(jī)型的板子分二步,先每孔接種100 μL細(xì)胞懸液,培養(yǎng)細(xì)胞1-6小時,細(xì)胞貼壁后,再補(bǔ)充生長培養(yǎng)基,每孔加入150μL生長培養(yǎng)液,總體積為250 μL。加液時沿壁輕輕加入,避免吹起剛貼壁的細(xì)胞。
12 使用組織黏附劑處理細(xì)胞培養(yǎng)板會影響XF實(shí)驗測量嗎?
不會。使用諸如poly-L-Lysine,fibronectin,Gelatin,poly-D-lysine,Cell-Tak™等組織黏附劑處理細(xì)胞培養(yǎng)板時,不會影響XF儀器測量的效果及實(shí)驗參數(shù)分析。
13 XFp/XFe96細(xì)胞培養(yǎng)微孔板的每個細(xì)胞孔的較大體積及底面積是多少?
275 µL;底面積是正常96孔板底面積的40%。
14 XFe24細(xì)胞培養(yǎng)微孔板的每個細(xì)胞孔的較大體積及底面積是多少?
1000 µL;底面積和正常96孔板底面積一樣大小。
15 Seahorse XF檢測液中需要加入抗生素嗎?
無需加入抗生素,因為大部分XF實(shí)驗在幾小時內(nèi)就結(jié)束了。
16可以在Seahorse檢測液中加入血清嗎?
不建議加入血清(如:FBS),因為其會影響檢測液的緩沖能力,并可能與進(jìn)行檢測的藥物/化合物發(fā)生非特異性結(jié)合而影響檢測效果,同時容易產(chǎn)生氣泡。另外,使用加入血清的檢測液溶解藥物加載至探針板加藥孔中進(jìn)行注射時,會出現(xiàn)漏藥或加藥注射失敗。
17加入底物的檢測液在多長時間內(nèi)可保持穩(wěn)定?或可以提前配好檢測液和藥物嗎?
Seahorse檢測液在實(shí)驗當(dāng)天現(xiàn)用現(xiàn)配。藥物也要現(xiàn)配現(xiàn)用,溶解后的藥物要一次性用完,剩余的也不能用于下次實(shí)驗了。
18 Seahorse XF糖酵解壓力試劑盒中的藥物狀態(tài)看上去很奇怪,是否有質(zhì)量問題(或其他試劑盒中部分藥物)?
如Glycolysis stress test kit中的2-DG,該藥可能是透明的液體、不透明的(白色的)固體,也可能是白色固體與透明液體的混合物,以上藥物狀態(tài)均不影響其性能,可按照說明書正常溶解使用。
19使用pH 7.4 的 XF DMEM 或 RPMI 基礎(chǔ)培養(yǎng)基制備檢測液時,加上Seahorse的三個底物,是否就無需調(diào)整pH了?
是的。使用推薦的 XF 三個底物,能確保分析培養(yǎng)基較終 pH 值的準(zhǔn)確。如果使用其他供應(yīng)商提供的其他品牌的補(bǔ)充劑,則無法保證培養(yǎng)基pH 值的準(zhǔn)確。啟封后的pH7.4的DMEM或RPMI基礎(chǔ)培養(yǎng)基,盡可能在一個月內(nèi)用完,以免pH值因為空氣中的CO2進(jìn)去,影響pH值。
20Seahorse的基礎(chǔ)培養(yǎng)基與其他廠家的有啥不同?
Seahorse XF 培養(yǎng)基于 XF 分析,推薦研究者使用,以獲得較佳試驗結(jié)果。XF 培養(yǎng)基以標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞培養(yǎng)基組分(DMEM 或 PRMI)為基礎(chǔ),做了以下這些方面改進(jìn):
無碳酸氫鹽和低緩沖容量:利于細(xì)胞外酸化率的檢測
無底物添加:適用于用戶的各種不同需求
低濃度酚紅或無酚紅:確保 pH 值測量的準(zhǔn)確性
21請問進(jìn)行FAO實(shí)驗時,能夠在探針板上加載BSA-palmitate使其在上機(jī)測量時自動注射入細(xì)胞孔嗎?
Agilent建議將BSA-palmitate或相似底物在培養(yǎng)細(xì)胞時做預(yù)處理。如果實(shí)驗存在合理依據(jù)需在上機(jī)測量時通過注射加BSA-palmitate、血清或其他類似底物,請聯(lián)系相關(guān)技術(shù)支持。
22 為何不能使用XF base medium配制的檢測液進(jìn)行Glycolytic rate與real-time ATP rate兩個實(shí)驗?
XF base medium中含有酚紅,該物質(zhì)會影響這兩個實(shí)驗的測量。
23 為何不能使用GlutaMAX來代替Glutamine呢?
不建議使用GlutaMAX來配制檢測液。因加入GlutaMAX后,還需細(xì)胞進(jìn)一步將其轉(zhuǎn)化為glutamine,這可能會影響線粒體對Glutamine氧化的動力學(xué)過程。
24 檢測液的pH對XF實(shí)驗非常重要嗎?
是的,Seahorse XF實(shí)驗通過測定細(xì)胞代謝物(如:氧和質(zhì)子)的變化來確定OCR 和ECAR,而檢測液pH會影響這些代謝物的產(chǎn)生或消耗,因此保持檢測液一致的 pH(37℃,pH=7.4± 0.1)非常重要。
25 FluxPak中的水化板可以替代細(xì)胞培養(yǎng)板嗎?
不可以,雖然水化板與細(xì)胞培養(yǎng)板結(jié)構(gòu)相同,但不能用來培養(yǎng)細(xì)胞。
26 Seahorse 探針板上機(jī)前加藥,需要注意什么?
加藥時同樣方法,槍頭抵著加藥孔壁大約與水平面呈45°度角,將液體一次性加入到加藥孔中,注意板子始終保持在平面上,加完藥的探針板不能晃動,以免加入的液體漏入水化板中。(24的機(jī)型,在加藥前需要取下粉色的水化輔助板);
27 Seahorse 細(xì)胞板上機(jī)時候,放進(jìn)去應(yīng)該就可以了?
探針板和細(xì)胞板放入儀器時,朝向為A1孔朝向機(jī)器內(nèi)部,記得把蓋子拿掉;
28 Seahorse XF報告生成器中的代謝數(shù)據(jù)是如何計算的?
在每個試劑盒的Seahorse XF報告生成器的用戶指南中詳細(xì)列出了數(shù)據(jù)的計算公式,請參閱。
29 Seahorse數(shù)據(jù)分析軟件Wave可以免費(fèi)下載安裝嗎?
是的,可在安捷倫找到Wave軟件下載,并且免費(fèi)下載安裝。
30 Seahorse XF 儀器模板選項中沒有想檢測試劑盒的模板怎么辦?
可在桌面板wave軟件中將相應(yīng)實(shí)驗?zāi)0逑葘?dǎo)出到 U 盤中,再導(dǎo)入XF 儀器模板庫即可。
31 Seahorse數(shù)據(jù)分析軟件導(dǎo)出選項中沒有對應(yīng)的report generator?
當(dāng)軟件導(dǎo)出選項中無相應(yīng)的report generator時,請移步到Agilent細(xì)胞分析軟件下,下載較新wave分析軟件,也可以在對應(yīng)試劑盒的菜單中下載對應(yīng)的report generator。
32 Seahorse Wave 分析軟件,我的電腦怎么都安裝不上,怎么辦?
當(dāng)軟件無法安裝時,可采用 Seahorse Analytics云分析, 這是一款網(wǎng)頁形式的 Seahorse XF 數(shù)據(jù)分析軟件,用戶可以通過任何一臺電腦安全地存儲、訪問和分析數(shù)據(jù)。簡化了用戶的數(shù)據(jù)分析流程
33 Seahorse XF 實(shí)驗后,是否需要做歸一化處理呢,有哪些方法呢?
功能生物數(shù)據(jù)的歸一化是原始數(shù)據(jù)展示和后續(xù)分析工作流程中的關(guān)鍵因素,以確保對結(jié)果的準(zhǔn)確一致的解析。XF 代謝分析在這方面也是如此,大多數(shù)實(shí)驗需要進(jìn)行某種形式的歸一化。無論是比較不同的細(xì)胞類型、基因修飾還是化合物處理,都必須根據(jù)共同的參數(shù)將數(shù)據(jù)歸一化以便正確比較。
常用的方法,蛋白定量,細(xì)胞成像計數(shù),核DNA的檢測等。
34 購買的Fluxpak包裝,為啥細(xì)胞板總是多幾塊呢?
Agilent 充分考慮到實(shí)驗中的各種情況,如果你發(fā)現(xiàn)細(xì)胞種的過密了或者發(fā)生了污染,那么就需要更換新的細(xì)胞板重新鋪板。
35 Seahorse相關(guān)試劑存儲條件是怎么的呢?
Agilent 基礎(chǔ)培養(yǎng)基類,請4℃避光保存,避免凍結(jié)。FAO和谷氨酰胺需要存放在-20℃;板子及常見的試劑盒,室溫存儲即可。
36 Seahorse XF 相關(guān)試劑盒的說明書在哪呢,有中文的嗎?
Agilent 一直提倡遵循環(huán)保理念,當(dāng)您收到試劑盒后,標(biāo)簽面都有一個二維碼,掃描即可下載說明書。部分有中文說明書,請聯(lián)系相關(guān)技術(shù)支持索取。
37 Seahorse XFe24 組織胰島板能簡單介紹下嗎?
目前只要24機(jī)型配有組織胰島微孔板,其微孔板的腔室容積為16.6 µL;
其網(wǎng)狀捕獲篩孔徑為125 µm。
38 Seahorse 啥數(shù)據(jù)能大致判斷實(shí)驗結(jié)果靠譜不?
通過大量的結(jié)果數(shù)據(jù),24機(jī)型基礎(chǔ)OCR值范圍50~400(pmol/min),基礎(chǔ)ECAR值范圍20~120(mpH/min);96機(jī)型基礎(chǔ)OCR值 范圍20~160(pmol/min),基礎(chǔ)ECAR值范圍10~90(mpH/min)。這個范圍內(nèi)的值,還是比較靠譜的。
3 Seahorse 24/96 孔微孔板的尺寸是多少?